Applied Sciences
Pusat Penyelidikan Biokimia Analisis (ABrC) 
Pusat Kajian Kelestarian Global (CGSS) 
Pusat IPv6 Termaju Negara (NAv6)
Pusat Racun Negara
Unit Terjemahan Melalui Komputer
Institut Farmaseutikal dan Nutraseutikal Malaysia
Pusat Penyelidikan Dadah & Ubat-ubatan

Applied Arts
Unit Penyelidikan Pendidikan Asas (UPPA)
Pusat Teknologi Pengajaran dan Multimedia
Institut Penyelidikan Pendidikan Tinggi Negara

Pure Arts
Pusat Penyelidikan Arkeologi Global (PPAG) 
Pusat Penyelidikan Dasar dan Kajian Antarabangsa (CenPRIS) 
Pusat Penyelidikan Pembangunan Wanita (KANITA) 
Pusat Pendidikan dan Latihan Tenaga Diperbaharui dan Kecekapan Tenaga (CETREE)
Pusat Kajian Pengurusan Pembangunan Islam (ISDEV)
Unit Penyelidikan dan Pendidikan untuk Perdamaian (REPUSM)

Pure Sciences
Pusat Biologi Kimia (CCB)
Pusat Kajian Samudera & Pantai (CEMACS) 
Unit Penyelidikan Kawalan Vektor (VCRU) 
Unit Penyelidikan Ilmu Falak & Sains Atmosfera

Medical
Institut Perubatan & Pergigian Termaju (IPPT)
Pusat Genom Manusia (Pusat Vitual)
Institut Penyelidikan Perubatan Molekul (INFORMM)

Engineering
Pusat Kecemerlangan Kejuruteraan (CEE)
Pusat Pengajian Kejuruteraan Sungai dan Saliran Bandar (REDAC) 
Pusat Rekabentuk Mikroelektronik Negara(CEDEC)
Science & Engineering Research Centre(SERC)
Institute of Nano Optoelectronics Research and Technology (INOR)